岩内町は「塩数の子」「身欠きにしん」の産地であったが、昭和20年代後半から前浜への鰊の回遊が途絶え、輸入物に頼らざるを得なくなった。そこで、個々の企業では対応が困難なため、組合を設立し鰊の安定供給を図ることとなった。

岩内町には、昭和55年まで水産業協同組合法（水協法）に基づく岩内町水産加工業協同組合と中小企業基本法（中企法）に基づく岩内海産商協同組合の２つの組合があった。
両組合の事業内容がほぼ同様な事と、重複加入の組合員が多い事から、昭和55年10月に岩内町水産加工業協同組合が発展的に解散して、岩内海産商協同組合に一本化され、同年12月に今の建物に移り現在に至っている。

昭和31年から長期にわたって地区内の水産加工業者全員で輸入鰊を中心とした共同購買事業を実施し、原材料の安定確保と仕入価格の安定に成功している。

主力である共同購買事業は、輸入鰊を上部団体である北海道水産物加工協同組合連合会から購入することである。
その他の輸入物については、組合員から委託を受けて随時行っている。
実質的な運営方針は理事会で決定されるが、役員会や組合員を含めた全体会議を開催することにより結束力を高めるとともに、常に組合の運営状況を組合員に報告している。また、青年部を設置して新商品開発等の研究を行っている。

原材料が生鮮品であり、相場の変動があるため迅速な対応が必要となるが、設立以来大きな事故もなく運営されている。
組合を窓口とした鰊の大量仕入れや安定供給により、コストダウンや保管料などの経費の節減が図られ、組合員企業の経営改善に寄与するとともに、全国でも有数の「塩数の子」「身欠きにしん」の産地と知られている。